以下哪些选项可以体现序列比对的重要意义？

进化树构建包括以下哪些步骤？

多序列比对就是两条以上的序列进行比对，可以用于进化树分析、寻找保守区域等。

选择感兴趣的一个具有完整编码区（CDS）的mRNA序列（每人1题，相互之间序列完全一致，均判0分），要求含有5’-UTR、CDS及3’-UTR。以该基因编码的蛋白序列为目的序列进行BlastP分析。在分析结果中下载与目的蛋白序列高同源的搜索蛋白序列，应用DNAMAN 5.0软件进行多序列比对。 要求：提交PDF格式文档至《生物信息学》精品在线开放课程平台。 注明该基因及其编码的蛋白质的序列号及蛋白质的主要生物学功能； 列出进行多序列比对的全部蛋白质的fasta格式序列； 应对5-10条蛋白序列进行多序列比对，每条序列以“序列号”命名。

蛋白质三维结构预测的方法包括哪些？

EST序列可以用来预测基因编码区。

应用BLAST在线分析工具，在核苷酸和氨基酸水平生进行序列同源性比对搜索，分析该基因及其编码的蛋白质与哪些物种已经鉴定的基因或蛋白质存在高同源性。

多序列比对运用局部比对，单序列与数据库比对常运用全局比对。

转录组注释可以使用的方法有：

NCBI BLAST工具只能进行核苷酸序列比对（blastn)和蛋白质序列比对（blastp)。

进行菌种鉴定时，可以通过PCR扩增（），测序后与数据库进行序列比对。