霉菌在食品工业中应用广泛，许多酿造食品都是霉菌的功劳，比如豆腐乳、豆豉、酱油、酱、醋等。

霉菌在食品加工业在用途十分广泛，酿造发酵食品、食品原料的制造，如豆腐乳、酱类、酱 油、有机酸等都是在霉菌的参与下生产加工出来的；在酿造业中，霉菌常常以淀粉质为主要原料，将淀粉转化成糖；再用酵母菌和细菌来转化糖类。 霉菌的应用：淀粉的糖化； 酱类（大豆酱、面酱、豆瓣酱等）的制作；豆腐乳；豆鼓——米曲霉（黑曲霉..） 酱油的酿造；——米曲霉、（黑曲霉、黄曲霉—不产黄曲霉毒素） 有机酸（柠檬酸、苹果酸、乳酸、醋酸等的发酵生产）——黑曲霉； 大型真菌：食用菌的开发